Die älteste Namensform „Amelungestat“ deutet auf eine ostgotisch-thüringische Gründung hin. Die heutige Pfarrkirche von Amlingstadt kann, neben der Kirche von Seußling, als eine der 14 sogenannten Slawenkirchen identifiziert werden, die im Jahr 793 Karl der Große zu bauen befahl. Bis etwa 810 setzten die Würzburger Bischöfe Berowelf und seine Nachfolger Liutrit und Egilwart den Befehl des Kaisers in die Tat um, diese Kirchen im Gebiet zwischen Main und Regnitz zu errichten.

Im Jahre 1007 gründete Kaiser Heinrich II. das Bistum Bamberg. 1013 erhält der Kaiser durch Gebietstausch die Kirchen in Amlingstadt und in Seußling mit ihren Zehnten und je drei königlichen "Hufen", d.h. großen Bauernhöfen, welche zu diesen Kirchen gehörten, vom Würzburger Bischof. Er integrierte sie sein neues Bistum Bamberg.

Etwa hundert Jahre später, bei der Übergabe eines Hofes bei Oberhaid an St. Jakob in Bamberg wurden 1124 die Ministerialien Christian und sein Bruder Marquart von Amlingstadt als Zeugen in einer Urkunde aufgeführt.

Zwischen 1392 und 1421 kommt ein Wilhelm von Brunn in den Quellen vor, ein Neffe des Bischofs Lamprecht von Brunn, Chorherr bei St. Stephan und Oberpfarrer zu Amlingstadt. Er stimmte einigen Loslösungen von der Pfarrei Amlingstadt zu: Pettstadt 1399 sowie Strullendorf und Litzendorf wurden im Jahr 1406 eigenständig.

Der mittlerweile vierte Kirchenbau wurde zwischen 1421 und 1442 am gleichen Ort errichtet und der 36 Meter hohe Turm hinzugebaut. Die Amlingstadter Kirche und der umliegende Friedhof wurden im Mittelalter mit einer festungsartigen Mauer umgeben. In Notzeiten lagerten die Amlingstadter in der Kirche ihren Hausrat und die Lebensmittel und verschanzten sich selbst dort vor Plünderern.

Der erste Bericht über die Anwesenheit einer Lehrperson in Amlingstadt stammt aus dem Jahr 1604. Moritz Göller hinterließ dem Gotteshaus beachtliche 7 Gulden, was bereits schriftlich belegt wurde. 1624 fungierte dann in Amlingstadt ein Schulmeister namens Kaspar Jäger. Die Schulmeister waren zu dieser Zeit meist auch als Kirchendiener tätig.

1633, im Dreißigjährigen Krieg, zerstörten schwedische Truppen Amlingstadt nahezu komplett. Mit der Pfarrkirche verbrannten 20 von 26 Anwesen, darunter auch die drei Höfe der Pfarrei. Drei weitere Anwesen waren bei einer Schadenserhebung noch im Jahr 1638 verwüstet.

Ab 1641 wurde die Pfarrkirche wieder instand gesetzt und 1659 vollendet. Weitere Erweiterungen und Umbauten sind für die Jahre 1659/60 und 1693/94 belegt. Seit 1643 gibt es ein Pfarrarchiv mit regelmäßigen Kirchenrechnungen.

Der Pfarrer und Dechant von 1739 bis 1752 war Johann Sauer. Er stiftete neben dem Hochaltar auch den Marienaltar von 1663 sowie den Apostelaltar von 1669/1670 welchen er umbauen ließ. Diese drei Altäre stehen heute noch in der Pfarrkirche. Der Apostelaltar und Oberbau der Kanzel tragen die Inschrift: Johann Sauer 1745.

In ihrem 1750 verfassten Testament setzte die Witwe des Johann Georg Körber, Gerichtsassessor, Steuereinnehmer und Gastwirt zum Goldenen Löwen das Gotteshaus "ad Sanct Egidium" als Haupterben ein.

1922 ließ der damalige Amlingstadter Pfarrer Karmann eine neue Orgel erbauen, die am 26. Februar geweiht wurde.

1942 wurden drei Glocken auf Anordnung der nationalsozialistischen Regierung vom Turm geholt. Nur die Totenglocke durfte im Glockenstuhl hängen bleiben.

In der Zeit um Ostern 1945 war der Ort mehrfach Ziel von Tieffliegerangriffen und so wurden auch die Feierlichkeiten der Erstkommunion am weißen Sonntag 1945 von Einschlägen und Feuer begleitet.

Den Zweiten Weltkrieg überlebten die Kirche und der Ort und es musste wie beim Ersten Weltkrieg das Kriegerdenkmal um viele gefallene und vermisste Männer erweitert werden.

1951 unter Pfarrer Christoph Weidner wurden die Marien- und die Ägidiusglocke, welche in Regensburg neu gegossen wurden, erworben. Mit einem Traktor und Anhänger(!) holte man sie dort ab und fuhr damit nach Amlingstadt.

1972 fandt die Weihe des Erweiterungsbaues der altehrwürdigen Pfarrkirche statt. Pfarrherr war Dekan Theodor Hellmich. Die Weihe erfolgte durch Dr. Dr. Josef Schneider, dem damaligen Erzbischof von Bamberg.

1978 wurde die größte und neue Dreifaltigkeitsglocke durch Pfarrer Hellmich geweiht. So war erst nach 36 Jahren langen Wartens das Geläut von St. Ägidius wieder vollständig.

Die Gebietsreform im Freistaat Bayern wurde in den Jahren 1971 bis 1980 durchgeführt und hatte das Ziel, leistungsfähigere Gemeinden und Landkreise zu schaffen. Amlingstadt kam im Zuge dieser Maßnahme mit sechs weiteren Orten zu Strullendorf und bildet gemeinsam mit diesen die heutige Gemeinde Strullendorf.

2013 erhielt die Pfarrkirche St. Ägidius in Amlingstadt eine weitere neue Orgel, die die kleine Pfarrgemeinde durch einen Orgelbauverein unter Vorsitz von Franz Will eigenfinanzierte. Im selben Jahr blickte der Ort auf eine tausendjährig dokumentierte Geschichte zurück in deren Mittelpunkt immer die auch heute so prächtige Kirche stand und steht.