Im Ort lebten die Bamberger Ministeriale Wolfram, Tolcnant und Hartung von Miessendorf. Sie traten von 1128 bis 1146 wiederholt als Zeugen bei Grundstücksgeschäften auf.

Aus dem Jahre 1627 liegen zuverlässige Angaben über Mistendorf vor. In 48 Anwesen leben 185 Personen, die gewissenhaft bei der Osterbeichte aufgeschrieben wurden. Nach dem Schwedeneinfall 1633 und der Pest 1634 erschienen nur noch 70 Personen zur Osterpflicht im Jahre 1636, davon lediglich 22 Männer. Es gab damals 16 verschiedene Lehensherren in Mistendorf. 1627 wurde auch Andreas Ohlmann, Kirchendiener und Schulmeister, namentlich festgehalten.

Kirche und umliegender Kirchhof waren seit dem späten Mittelalter stark befestigt. Hierher brachte man in Notzeiten guten Hausrat und getrocknete Lebensmittel, um schnell hinter die sicheren Mauern flüchten zu können. 1635 entwendete ein Knecht aus der Kirche Korn, Hülsenfrüchte und getrocknete Birnen. Der Bestohlene, Veit Müller, schlug mit einer Haue derart auf den geständigen Dieb ein, dass dieser einige Tage später starb und unehrenhaft außerhalb des Kirchenhofes begraben wurde.

Im Jahr 1391 wurde erstmals die Marienkapelle in Mistendorf bezeugt. Bischof Friedrich III. von Aufseß erhob sie 1430 zur Pfarrkirche und trennte Mistendorf mit acht weiteren Dörfern von der Pfarrei Buttenheim ab.

Im Juli 1659 beschäftigte sich die Geistliche Regierung in Bamberg mit dem Aufsehen erregenden Fund einer großen Hostie in einer hohlen Eiche auf dem Steinknock oberhalb Mistendorfs.

Auch ein Wappenring lag bei dem Lederbeutel, in dem die Hostie verborgen war. Über 60 Seiten amtliche Protokolle beschreiben die Ereignisse um die Seherin Maria Drechsler.

Seit 1720 stehen auf dem Steinknock Kapellen, jetzt die dritte, geweiht 1895 als Maria-Hilf-Kapelle.

Die Gebietsreform im Freistaat Bayern wurde in den Jahren 1971 bis 1980 durchgeführt und hatte das Ziel, leistungsfähigere Gemeinden und Landkreise zu schaffen. Mistendorf kam im Zuge dieser Maßnahme mit sechs weiteren Orten zu Strullendorf und bildet gemeinsam mit diesen die heutige Gemeinde Strullendorf.