Im Jahre 1109 übergab der heilige Bischof Otto Zeegendorf "mit allem Nutzen" dem Stift St. Jakob in Bamberg. 1391 bekundete Ulrich Marckard, gesessen zu Zechendorf, dass er in Erbpacht genommen eine Hofstatt in Zechendorf an unserer lieben Frau Acker der Capellen zu Mistendorf".

Im Jahr 1430 wurde diese Kapelle zur Pfarrkirche erhoben. Zwischen 1183 und 1234 wurden Gundeloch, Reinold und Siegfried von Zeegendorf bei Grundstücksgeschäften als Zeuge genannt. Sie dürften Bamberger Ministeriale gewesen sein.

In Zeegendorf gab es in früher Zeit auch ein herrschaftliches Haus. 1432 wurde ein "Obernwal und Sitz" im Dorf genannt. 1525 steht in der Steuerliste: ”Otto Nüßlein sitzt auf einem Gut, der Wall, des Hans Nüßlein. Ist lehenhaft meinem Herrn vom Kapitel im Domstift.” 1633 besaßen die Brüder Veit und Pankraz Nüßlein drei Hofstätten. Dazu gehörte auch das Anwesen auf dem Wall, längst kein herrschaftlicher Besitz mehr. In diesen Kriegsjahren wurden die Höfe ein Raub der Flammen. Der Hausname Burg bezeugt noch heute zuverlässig den Standort des ehemaligen Gutes.

Zeegendorf gehörte früher zum Gerichtsbezirk in Memmelsdorf. Von dort kam mehrmals im Jahr der Vogt und saß zu Gericht. 13 weitere Dörfer gehörten zu diesem Gerichtsort Zeegendorf. Sie mussten auch die Gerichtsschöffen stellen.

Nach 1594 wird Mistendorf Gerichtsort. 1627 nahmen 200 Einwohner an der Pflichtbeichte zu Ostern teil. Sie unterstehen 12 Lehensherren. Die meisten Lehen besitzten der Domdekan mit 22 und der Streitberger zu Burggrub (Veit Hector) mit sechs Lehen, darunter auch die beiden betriebenen Wirtshäuser.

Diese wurden mit 13 weiteren Höfen 1633 von den Schweden abgebrannt. 1636 wurden die Osterbeichter wieder genau erfasst. Es waren nur noch 55 vorhanden, 18 Männer und 37 Frauen. Als 1690 die Ritter von Streitberg in der männlichen Linie aussterben, übernehmen die Schenk von Stauffenberg die Zeegendorfer Lehen.

1952 wurde in Zeegendorf der Bau der Filialkirche vollendet. Am 24. August erhielt St. Josef die kirchliche Weihe. 1966 kamen drei Glocken auf den Turm. 1970 legt die damals noch eigenständige, kleine Gemeinde den Friedhof an.

Die Eingemeindung nach Strullendorf fand am 1. Mai 1978 statt.Die Gebietsreform im Freistaat Bayern wurde in den Jahren 1971 bis 1980 durchgeführt und hatte das Ziel, leistungsfähigere Gemeinden und Landkreise zu schaffen. Zeegendorf kam im Zuge dieser Maßnahme mit sechs weiteren Orten zu Strullendorf und bildet gemeinsam mit diesen die heutige Gemeinde Strullendorf.